Como planejar uma viagem de trem pelo Japão

Compre um JR Pass antes de viajar (válido por 7, 14 ou 21 dias), reserve assentos com antecedência para shinkansen, e baixe o app Hyperdia para horários. Com planejamento básico, você consegue viajar de Tóquio a Kyoto em 2h15min.

Compre o JR Pass antes da viagem. Adquira online por ¥29.650 (7 dias), ¥47.250 (14 dias) ou ¥60.450 (21 dias). Você recebe um voucher que troca por um passe físico em qualquer estação JR no Japão. Não pode ser comprado no Japão.
Baixe apps essenciais. Instale Hyperdia (horários de trem) e Google Translate com câmera para placas. O Hyperdia funciona offline e mostra todas as conexões possíveis.
Entenda o sistema de reservas. Shinkansen tem vagões livres (jiyūseki) e reservados (shiteiseki). Reserve gratuitamente em qualquer estação JR ou viaje nos vagões 1-3 sem reserva. Nas horas de pico (7-9h, 17-19h), reserve sempre.
Planeje as rotas principais. Tóquio-Kyoto: 2h15min (Hikari), Kyoto-Osaka: 15min, Osaka-Hiroshima: 1h20min, Hiroshima-Miyajima: 45min (trem + ferry). Use sempre a linha Tōkaidō para essas rotas.
Chegue 15 minutos antes. Trens japoneses são pontualíssimos. Encontre sua plataforma (os números ficam nas placas suspensas), posicione-se nas marcações no chão que correspondem à porta do seu vagão.
Guarde bagagem corretamente. Malas grandes vão nos compartimentos atrás da última fileira de cada vagão. Mochilas ficam nos bagageiros suspensos. Nunca deixe bagagem no corredor.

Posso usar o JR Pass em todos os trens?: Sim, exceto no Nozomi e Mizuho (shinkansen mais rápidos). Use Hikari e Kodama que são apenas 15-30min mais lentos e cobertos pelo passe.
Como funciona a reserva de assentos?: Vá a qualquer balcão JR com seu passe, mostre os horários que quer no celular. O funcionário fará a reserva gratuitamente e dará um ticket com seu assento.
E se eu perder meu trem reservado?: Sua reserva expira, mas você pode pegar qualquer trem posterior nos vagões livres (1-3 no shinkansen) ou fazer nova reserva se houver vagas.